Os acontecimentos em Stargate Atlantis seguem-se ao episódio final Lost City da sétima temporada de Stargate SG-1, no qual a equipe SG-1 encontrou um posto avançado na Antártida construído por uma raça conhecida como os Antigos. Com os desdobramentos em New Order, episódio inicial da oitava temporada de Stargate SG-1, o Comando do Stargate envia uma equipe internacional para investigar o posto. O Dr. Jackson descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. A nova série acompanha as aventuras de um grupo de cientistas e militares que embarcam numa viagem sem volta para aquela cidade, na Galáxia Pégasus. Da mesma maneira que as equipes SG de Stargate SG-1, o uso, pela nova equipe, do Stargate coloca a humanidade em contacto com outras culturas, algumas humanas, outras alienígenas, algumas amigáveis, outras profundamente hostis, como os Wraith.