O enredo de Ômega acontece no futuro, 25 anos após a conclusão das guerras do século 20 narradas no mangá. Após um conflito com o deus Marte, Seiya de Sagitário e seus amigos foram impedidos de queimar seus cosmos e Athena teve de se refugiar numa ilha onde treina novos cavaleiros para derrotar Marte, porém, mal sabe ela que as escondidas Marte cria uma jovem com forte cosmo de luz para usurpar o lugar de Athena e destruir a terra usando o cosmo da luz para transformar Marte num paraíso.