Um filme altamente experimental que apresenta uma história fora de ordem cronológica que ocorre 15 anos após uma catástrofe quase apocalíptica, sobre quatro jovens traumatizados de 14 anos que são encarregados de pilotar armas maciças humanóides chamadas de Evangelion, os adultos psicologicamente desajustados que os manipulam e comandam e os eventos e forças que os afetam ou dos quais eles participam enquanto enfrentam invasores hostis em massa conhecidos como "Anjos".