Naruto Shippuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter deixado a vila para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos  shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No  entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de  enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela  lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!