Takato, Ruki e Lee são crianças que, por coincidência do destino, receberam Digimon reais, ao contrário dos imaginários do seu jogo de cartas. Cada uma das crianças, ou Digimon Tamers, tem suas opiniões diferentes sobre como os Digimon devem ser tratados. Mas quando outros Digimon começam a aparecer no Japão, eles precisam deixar de lado suas diferenças para afastar os intrusos digitais.