Quando a Liga da Justiça desaparece e os vilões invadem Metrópolis, há apenas uma equipe que pode resolver esse mistério: Scooby-Doo e sua turma!  Mas espere, há um novo cachorro na cidade – Krypto – o Supercão do Superman com Superpoderes.  A Mistérios S/A precisará de toda a ajuda possível quando fantasmas ameaçarem a sede da Liga da Justiça.  E Lex Luthor finalmente se endireitou?  Ou ele está em conluio com o Coringa e a Arlequina?  Os Super-Vilões da DC podem ter entrado em conflito com o Superman antes, mas agora eles estão enfrentando algo novo: uma gangue de garotos intrometidos!