Um ano se passou desde que Jim Button e seu melhor amigo, o maquinista Luke, retornaram de sua perigosa aventura em Dragon City. A vida em Morrowland segue seu caminho tranquilo novamente. De repente, nuvens negras se acumulam sobre a tranquila ilha de Morrowland: a famosa gangue pirata "The Wild 13" descobriu que o dragão Sra. Grindtooth foi conquistado por Jim e Luke e agora jura vingança. Para proteger Morrowland de outra ameaça, os dois partem com suas locomotivas a vapor Emma e Molly em uma perigosa jornada onde reencontram velhos amigos.